Προτεραιότητα θα δίνει η εφορία στις υποθέσεις που αφορούν ελέγχους, μετά από παραγγελία εισαγγελικών λειτουργών ή επιθεωρητών, σχετικά με την απόκτηση μεγάλου πλούτου, ακινήτων εξωτερικού, offshore εταιρειών αλλά και εμβασμάτων που στάλθηκαν στο εξωτερικό.
Επίσης, όσες έχουν ανατεθεί με απόφαση υπουργού ή του γενικού γραμματέα Δημοσίων Εσόδων, καθώς και υποθέσεις που ο φορολογικός έλεγχος έχει εγκριθεί από τη Γενική Διεύθυνση Φορολογικών Ελέγχων και Είσπραξης Δημοσίων Εσόδων.
Ο έλεγχος στις υποθέσεις αυτές καθώς και στις επιχειρήσεις για τις οικονομικές χρήσεις 2004 και 2005 για την ανάκτηση κρατικών ενισχύσεων θα διενεργείται υποχρεωτικά όπως ορίζεται σε εγκύκλιο του γενικού γραμματέα Δημοσίων Εσόδων Χάρη Θεοχάρη σχετικά με τους ελέγχους στις υποθέσεις που πλησιάζει ο χρόνος παραγραφής.
Στην εγκύκλιο διευκρινίζεται ότι θα εφαρμοσθεί σύστημα μοριοδότησης των υποθέσεων που πλησιάζουν στον χρόνο παραγραφής, ώστε ο έλεγχός τους να είναι άμεσος και να εστιάζεται καταρχήν στην χρήση που κινδυνεύει να παραγραφεί.