Aνησυχία και προβληματισμό στην εκπαιδευτική κοινότητα του Ρεθύμνου προκαλούν τα υψηλά ποσοστά διαρροής μαθητών από τα γυμνάσια και τα λύκεια κυρίως στις ορεινές περιοχές.
Ωστόσο, το “κερασάκι στην τούρτα”, όπως υποστηρίζει η ΕΛΜΕ Ρεθύμνου, ήρθε πέρυσι με την εφαρμογή της τράπεζας θεμάτων στην Α’ λυκείου, που ήταν αφορμή να μείνουν δεκάδες μαθητές μετεξεταστέοι. 
Ο νομός Ρεθύμνου πάντως, εξακολουθεί να βρίσκεται στις πρώτες πανελλαδικά σε σχολική διαρροή.
Ειδικότερα, ανοδικές τάσεις παρουσιάζει η μαθητική διαρροή στην Κρήτη, με τους μαθητές του Ρεθύμνου -να δείχνουν τα στοιχεία- ότι κρατούν τα «σκήπτρα» στο νησί, ενώ παράλληλα ο νομός εξακολουθεί να βρίσκεται στις πρώτες πανελλαδικά σε σχολική διαρροή.
Την εικόνα αυτή έχουν οι εκπαιδευτικοί του νησιού, που έρχονται καθημερινά αντιμέτωποι με τους μαθητές που εγκαταλείπουν πρόωρα το σχολείο.
Τα συγκεντρωτικά στοιχεία της τελευταίας δεκαετίας της διεύθυνσης δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης Ρεθύμνου δείχνουν ότι τα υψηλότερα ποσοστά διαρροής εντοπίζονται κυρίως στην α γυμνασίου και στην α λυκείου, ενώ το πρόβλημα φαίνεται να είναι εντονότερο στην ενδοχώρα και κυρίως στα ορεινά χωριά του νομού.
Οι εκπαιδευτικοί ισχυρίζονται επίσης ότι κατά προηγούμενη σχολική χρονιά, οι αλλαγές με το νέο λύκειο αλλά και η περίφημη τράπεζα θεμάτων, οδήγησε ένα μεγάλο ποσοστό μαθητών στο Ρέθυμνο έξω από τις σχολικές αίθουσες.
Οι λόγοι που επικαλούνται οι γονείς είναι ότι τα παιδιά τους δεν “παίρνουν” τα γράμματα, ενώ σε κάποιες άλλες περιπτώσεις, οι λόγοι είναι καθαρά οικονομικοί, προκειμένου να τα βγάζει πιο εύκολα πέρα η οικογένεια. Ενώ οι οποίες παρεμβάσεις των εισαγγελικών αρχών έγιναν τα προηγούμενα χρόνια, χειροτέρεψαν την κατάσταση απ’ ότι να την βελτιώσουν.
Οι καθηγητές των σχολείων που παρατηρείται το πρόβλημα, σε συνεργασία με την δευτεροβάθμια εκπαίδευση καταβάλλουν προσπάθειες για ν’ αλλάξει η νοοτροπία μαθητών και γονιών.