Το Μουσικό σχολείου Ρεθύμνου αντιμετωπίζει σοβαρό στεγαστικό πρόβλημα, το οποίο φέτος έχει διπλασιαστεί λόγω του πολύ μεγάλου αριθμού μαθητών που φοιτούν σ’ αυτό το σχολείο. Το σχολείο εδώ και πολλά χρόνια αντιμετωπίζει ένα συγκεκριμένο πρόβλημα και με τη σχολική κοινότητα να κάνει συνεχώς αιτήματα στο δήμο και σε κάθε αρμόδιο για να βρεθεί λύση ώστε να παρέχεται ποιοτική εκπαίδευση στα παιδιά σε αξιοπρεπή χώρο. Μέχρι στιγμής δεν έχει βρεθεί καμία λύση καθώς το πρόβλημα αυξάνεται με την έλευση «καινούργιων» μαθητών λόγω έλλειψης αιθουσών.
Αίτημα της σχολικής κοινότητας είναι να διατεθούν οι αίθουσες στις οποίες στεγάζεται ο παιδικός σταθμός για χρήση στο σχολείο, ενώ βέβαια σταθερό και επιτακτικό πλέον παραμένει το αίτημα για νέο κτήριο που θα στεγάσει τις ανάγκες του μουσικού σχολείου.
Με βάση αυτό πραγματοποιήθηκε συνάντηση χθες μεταξύ του διευθυντή του σχολείου, εκπροσώπων του συλλόγου γονέων, του δημάρχου Ρεθύμνου Γιώργου Μαρινάκη και του αντιδημάρχου παιδείας Γιώργου Γεωργαλή. 
Ο κ. Μαρινάκης «δεσμεύτηκε» πως θα προσπαθήσει να ανακουφίσει τις ανάγκες του σχολείου απελευθερώνοντας χώρους από τον παιδικό σταθμό που λειτουργεί στο κτήριο, όταν όμως ολοκληρωθεί το κτήριο της Κοινωνική Μέριμνας, κάτι που δεν πρόκειται να γίνει πριν την άνοιξη. Επίσης, είναι σε συνεργασία με τον ΟΣΚ για μια νέα κτηριολογική μελέτη προκειμένου να αποτυπωθεί αν μπορεί το Μουσικό γυμνάσιο να συστεγαστεί με το 1ο γυμνάσιο στον Τίμιο Σταυρό, στο οικόπεδο της ΧΕΝ.