Σύμφωνα με το νέο νόμο 3852/2010 «Καλλικράτης», για τη τοπική αυτοδιοίκηση, καταργήθηκαν υποχρεωτικά, τα ΝΠΔΔ που λειτουργούσαν στους τομείς πολιτισμού και παιδείας με αποτέλεσμα η λειτουργία και η περιουσία τους να περιέλθει στο Δήμο Ρεθύμνης.
Έτσι στο νέο Δήμο Ρεθύμνης ανήκουν πλέον οι παρακάτω δομές:
• ΣΧΟΛΙΚΟ ΜΟΥΣΕΙΟ ΑΜΝΑΤΟΥ 
• ΚΕΝΤΡΟ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗΣ ΕΚΠ/ΣΗΣ «Φάλκονας» στη Καρωτή
• ΠΟΛΙΤΙΣΤΙΚΟ ΚΕΝΤΡΟ ΚΑΙ ΒΙΒΛΙΟΘΗΚΗ «Μανόλης και Ανέστης Αναγνωστάκης» στα Ρούστικα.
• ΠΟΛΙΤΙΣΤΙΚΟ ΚΕΝΤΡΟ ΚΑΙ ΒΙΒΛΙΟΘΗΚΗ ΑΓΙΟΥ ΚΩΝ/ΝΟΥ
Για τη καλύτερη λειτουργία των παραπάνω δομών η Εκτελεστική Επιτροπή του Δήμου Ρεθύμνης και το Δημοτικό Συμβούλιο αποφάσισαν ομόφωνα τον ορισμό επιτροπών διαχείρισης. Μάλιστα, έχουν ήδη ξεκινήσει συνεδριάσεις για τη κατανομή αρμοδιοτήτων και η καταγραφή – ιεράρχηση των προβλημάτων που έχουν οι παραπάνω δομές.
Επίσης στόχος του Δήμου είναι η συνεργασία με το Πανεπιστήμιο και το ΤΕΙ, που με το άριστο προσωπικό που διαθέτουν, μπορούν να συμβάλουν στη καλύτερη λειτουργία αυτών των δομών, αλλά και στη στήριξη του έργου των εκπαιδευτικών.
Ήδη το Παιδαγωγικό Τμήμα του Πανεπιστημίου Κρήτης με τους άξιους καθηγητές του, μεταφέρει μέρος των δράσεων του στο Δήμο Ρεθύμνης συμβάλλοντας στη βελτίωση της παρεχόμενης εκπαίδευσης.
Συγκεκριμένα «υιοθέτησε» το 1ο Δημοτικό Σχολείο Ρεθύμνης αναβαθμίζοντάς το σε «πρότυπο σχολείο» βοηθώντας το Δ/ντή και το Διδακτικό προσωπικό του στην αναβάθμιση της παρεχόμενης εκπ/σης στους μικρούς μαθητές.
(Αδελφοποίηση με σχολείο του Τορόντο – Καναδά, Διδασκαλίες με θέμα τους αυτοματισμούς και τη ρομποτική, οργάνωση τον επόμενο μήνα ενός «πανηγυριού» των φυσικών επιστημών κλπ).
Επίσης, οργανώνει πρόγραμμα μελέτης της Ιστορίας της Εκπ/σης για τους φοιτητές του στο Σχολικό Μουσείο της Αμνάτου σε συνεργασία με την επιτροπή διαχείρισης και την Πρόεδρο του Σχολικού Μουσείου κ. Πέπη Μπιρλιράκη – Αντιδημάρχου Πολιτισμού – Τουρισμού.
Όπως προκύπτει από τα παραπάνω, δημοσιεύματα που προσπαθούν να δημιουργήσουν προβλήματα στις άριστες σχέσεις Πανεπιστημίου και Δήμου Ρεθύμνης είναι καταδικαστέα και εκτός πραγματικότητας.