Τα αλληλοεπικαλυπτόμενα και τα μη ψηφιοποιημένα αγροτεμάχια ή στάβλοι είναι οι συχνότερες αιτίες που μένει εκτός πληρωμών κάποιος δικαιούχος ενιαίας ενίσχυσης και τότε εμφανίζεται στο site του ΟΠΕΚΕΠΕ ένας κωδικός αριθμός αντίστοιχος του προβλήματος που έχει προκύψει κατά τη διαδικασία των διασταυρωτικών ελέγχων.
Όπως προκύπτει, πάντως, από σχετικό έγγραφο, οι 13 αιτίες που αναγράφονται ως αιτιολογία απόρριψης από την προκαταβολή του τσεκ (με τον κωδικό τους) είναι οι εξής:
51001 Μη ψηφιοποιημένο αγροτεμάχιο 
51002 Μη ψηφιοποιημένος στάβλος
51100 Συνιδιοκτησία με διαφορετική ψηφιοποιηθείσα έκταση και ίδιο 13ψηφιο
51300 Αγροτεμάχια με ίδιο 13ψήφιο κωδικό, δηλωμένα ως συνιδιοκτησία με διαφορετική ολική δηλωθείσα έκταση
51400 Αγροτεμάχια με ίδιο 13ψήφιο κωδικό τα οποία δεν επικαλύπτονται
53101 Επικαλυπτόμενα αγροτεμάχια
53102 Επικαλυπτόμενες σταβλικές εγκαταστάσεις
54101 Μη επιλέξιμα Αγροτεμάχια
55101 Συνολική δηλωθείσα επιλέξιμη έκταση συνιδιοκτησιών μεγαλύτερη από την δηλωθείσα ολική έκταση
57101 Έκταση ψηφιοποιημένου αγροτεμαχίου μικρότερη από τη δηλωθείσα εκτός ορίων ανοχής
58101 Έκταση ψηφιοποιημένου αγροτεμαχίου μεγαλύτερη από τη δηλωθείσα εκτός ορίων ανοχής
59001 Υπέρβαση επιλέξιμης έκτασης ενότητας
59004 Αγροτεμάχιο με λάθος εντοπισμό μετά από επιτόπιο έλεγχο
Επίσης, τα στοιχεία των αιτήσεων των παραγωγών διασταυρώθηκαν με τις παρακάτω βάσεις δεδομένων μέσω ηλεκτρονικού υπολογιστή:
– το αρχείο του ΚΕΠΥΟ για την ταυτοποίηση των γεωργών
– το αρχείο του τραπεζικού ιδρύματος για την ταυτοποίηση των τραπεζικών λογαριασμών
– το αρχείο των πρόωρα συνταξιοδοτηθέντων γεωργών και των συζύγων τους
– το αρχείο των διεγραφέντων διαδόχων δικαιούχων πρόωρης συνταξιοδότησης
– το αρχείο των διαδόχων δικαιούχων πρόωρης συνταξιοδότησης με δεκαετή αποκλεισμό
– το αρχείο των απενταχθέντων από το πρόγραμμα των Νέων Γεωργών
– τα αρχεία κυρώσεων στα πλαίσια της πολλαπλής συμμόρφωσης προηγούμενων ετών
– τα αρχεία δικαιούχων στα πλαίσια εφαρμογής του ειδικού καθεστώτος.