Το κτηριολογικό της μαρίνας και το τί ακριβώς θα περιλαμβάνει η νέα μελέτη, έχει ήδη αρχίσει να απασχολεί κάποιους Ρεθεμνιώτες που πρεσβεύουν την άποψη στη μαρίνα να μη υπάρξουν κτηριακές υποδομές.
Το θέμα αυτό απασχολεί τόσο τον κ. Μιχάλη Βαλαρή εισοδηματία, όσο και την κ. Ρένα Μαγιάφα αρχιτέκτονα, οι οποίοι υποστηρίζουν ότι η μαρίνα πρόκειται να επιβαρυνθεί με βαριά κτηριακή υποδομή, κάτι που πρέπει να αποφευχθεί τόσο για αισθητικούς όσο και για τεχνικούς λόγους.
Ο κ. Βαλαρής μάλιστα μίλησε για παράνομα κτήρια που ετοιμάζονται να χτιστούν πάνω στον αιγιαλό. «Αυτό που δεν μπορούμε να δεχτούμε είναι η κατασκευή κτηρίων. Δεν επιτρέπεται να χτίσουν επάνω στο μπάζωμα είτε στο ανατολικό είτε στο βορειοδυτικό. Τα κτήρια που προγραμματίζουν να κτίσουν είναι πάνω από 20.000 τμ. και το αποτέλεσμα θα είναι τερατώδες για τον επισκέπτη που αντί να βλέπει την παλιά πόλη και την Φορτέτζα, θα βλέπει αυτά τα κτήρια», ενώ πρόσθεσε ότι δεν θεωρεί απίθανο την κατασκευή και πώληση διαμερισμάτων. 
Στο ίδιο μήκος κύματος κινήθηκε και η κ. Ρένα Μαγιάφα τονίζοντας: «Εμείς λέμε, ότι το μπάζωμα έχει βάθος 4 μέτρα και πάνω σε αυτό το μπάζωμα πάνε να στηρίξουν κτήρια το λιγότερο τετραώροφα, τα οποία από τη μία είναι παράνομα και από την άλλη, οι συγκεκριμένες κατασκευές κτηρίων δεν προβλέπονται από το χωροταξικό σχέδιο». Η κ. Μαγιάφα στη συνέχεια αναρωτήθηκε: «Πέρα από το αισθητικό μέρος, είναι δυνατόν να χτιστεί ένα κτήριο, με τη θεμελίωσή του μέσα στη θάλασσα;» και πρόσθεσε «Επίσης δεν μας είπαν, όλα αυτά πόσο κοστίζουν. Εμείς θεωρούμε ότι δεν θα μπορεί να αναλάβει το κόστος το κράτος και θα τα αναθέσουν σαν αντιπαροχή σε έναν ιδιώτη που θα τα εκμεταλλεύεται, όπως για παράδειγμα το πάρκιγκ των 4ων Μαρτύρων».
Από την πλευρά του λιμενικού ταμείου ο πρόεδρος του, κ. Μίνως Αλεφαντινός υπεραμυνόμενος της μελέτης, υποστήριξε για μία ακόμα φορά, πράγμα το οποίο έχει κάνει και κατά το παρελθόν, ότι το σχέδιο που παρουσιάστηκε στο Σπίτι του Πολιτισμού, αποτελεί μία πρόταση για διαβούλευση και δεν αφορά κανένα τελικό σχεδιασμό. «Αυτή τη στιγμή κανείς μας δεν γνωρίζει, πόσα κτήρια θα γίνουν και πού θα γίνουν. Εμείς έχουμε τη χωροθέτηση λειτουργιών της λιμενολεκάνης Ρεθύμνου, που διαχειρίζεται όλες τις δραστηριότητες, που μπορούν και πρέπει να αναπτυχθούν μέσα σε αυτήν. Η πρόταση αυτή είναι φυσικό ότι θα έχει ορισμένα κτήρια που θα υποστηρίξουν αυτές τις δράσεις. Το κτηριολογικό πρόγραμμα δεν έχει βγει ακόμα. Θα προκύψει από αυτό που απαιτείται εκ του νόμου για την κάθε δράση και από το αποτέλεσμα της οικονομοτεχνικής μελέτης».
Ο κ. Αλεφαντινός, τόνισε ότι «το μόνο που αναφέρεται προς το παρόν στη μελέτη, είναι το πού μπορούν να γίνουν κτήρια και όχι ότι θα γίνουν οπωσδήποτε εκεί. Το πόσα θα είναι, ποιά θα είναι, και τί μορφή θα έχουν, δεν το ξέρει κανένας αυτή τη στιγμή» και συμπλήρωσε: «Δεν προκύπτει από πουθενά στη μελέτη, ούτε το νούμερο των τετραγωνικών μέτρων και ακόμη περισσότερο τα τετραώροφα κτήρια, για τα οποία μίλησαν ο κ. Βαλαρής και η κ. Μαγιάφα».
Η πρόθεση του Λιμενικού Ταμείου είναι να γίνουν οι ελάχιστες κατασκευές και σε καμία περίπτωση δεν θα περιλαμβάνουν ψηλά κτήρια, είπε ο πρόεδρος του και συνέχισε: «Δεν μπορούν να γίνουν όλες αυτές οι υποδομές, χωρίς να υπάρχει ένα κτηριολογικό πρόγραμμα, το οποίο θα είναι σε απόλυτο σεβασμό κλίμακας μεγέθους και ύφους. Δηλώνω με τον πλέον κατηγορηματικό τρόπο, ότι στις συζητήσεις που έκανα με τους δύο μελετητές ποτέ δεν ετέθη θέμα είτε κατοικιών, είτε ξενοδοχείου, είτε εμπορικού κέντρου. Αυτή τη στιγμή διαβουλευόμαστε τη φιλοσοφία ενός έργου και όχι τις επιμέρους λεπτομέρειες που δεν έχουν βγει ακόμα».
Από την πλευρά του Εμπορικού Επιμελητηρίου, η αρχική άποψη είναι ότι το έργο στη φάση που έχει παρουσιαστεί, αντιμετωπίζεται ως ένα έργο που μπορεί να δώσει μεγάλη προοπτική στην πόλη και θέλει να το στηρίξει. Όμως η κλίμακα του, πρέπει να είναι τέτοια, που να μπορεί να υλοποιηθεί από δημόσιες επενδύσεις και να μην είναι ένα έργο με βαρύ κτηριολογικό πρόγραμμα, το οποίο θα αφήνει την υπόνοια ότι θα υλοποιηθεί από ιδιώτες, οι οποίοι θα ζητήσουν να μέγιστα δυνατά οφέλη.
Σύμφωνα με τον πρόεδρο του Εμπορικού Επιμελητηρίου κ. Κρυοβρυσανάκη, το κτηριολογικό πρόγραμμα πρέπει να περιοριστεί στα απολύτως απαραίτητα ώστε να μην προσβάλει την αισθητική της πόλης: «Όμως όλα αυτά που έχουμε δει είναι σε πολύ πρώιμο και αρχικό στάδιο. Περιμένουμε τα πράγματα να έρθουν σε ένα πιο ώριμο στάδιο για να ενημερωθούμε και να τοποθετηθούμε επί αυτών».