Στην αυγή της αυτονομίας. Η παρουσία των ρωσικών αυτοκρατορικών στρατευμάτων στο Ρέθυμνο: «…εμπρός διά την χριστιανικήν ιδέαν, διά την απελευθέρωσιν των ορθοδόξων αδελφών…». 
Ι. Η συμφωνία κατοχής της Κρήτης μεταξύ των Μεγάλων Δυνάμεων, Αγγλίας, Γαλλίας, Γερμανίας, Ιταλίας, Αυστροουγγαρίας και Ρωσίας, ήρθε στις 3 Φεβρουαρίου 1897. Η αρχική κατάληψη των πόλεων και οικισμών της Κρήτης, επεκτάθηκε με την αποχώρηση του ελληνικού στρατού κατοχής υπό τον Συνταγματάρχη Τιμολέοντα Βάσσο, σ’ ολόκληρη την ενδοχώρα, χωρίς να υπάρξει αντίδραση από τον χριστιανικό πληθυσμό, ο οποίος είχε υποστεί τις μεγαλύτερες καταστροφές και επιζητούσε προστασία. Το κενό εξουσίας, οι διοικητικές δυσλειτουργίες, οι καταστροφές των επαναστατικών αναταραχών, καθώς και ο φόβος της αναρχίας-φόβος αμοιβαίος για χριστιανούς και μουσουλμάνους-προκάλεσαν την υποχώρηση του ενωτικού αιτήματος και τη δρομολόγηση από το Μάρτιο του 1897 της αυτονομίας της Κρήτης. Η προκήρυξη των πολυεθνικών ενόπλων Δυνάμεων προς τους κατοίκους της Κρήτης στις 5/17 Μαρτίου 1897 ανέφερε μεταξύ άλλων «…αι Μεγάλαι Δυνάμεις έχουσιν λάβει την αμετάκλητον απόφασιν να εξασφαλίσωσι την πλήρη αυτονομίαν της Κρήτης, υπό την επικυριαρχίαν του Σουλτάνου…». Παρέμεινε, όμως, μετέωρο το αίτημα για την αποχώρηση του τουρκικού στρατού, πράξη που θα μετέβαλε την οθωμανική επικυριαρχία σε κενό γράμμα.
Τα γεγονότα της 25 Αυγούστου 1898 στο Ηράκλειο και ο συνακόλουθος τρόμος των σφαγών προκάλεσαν ενίσχυση των δυνάμεων κατοχής. Στο Ρέθυμνο στο ένα τάγμα πυροβολικού, με διοικητή τον αντισυνταγματάρχη Τομασέβσκυ, μαζί με ένα τάγμα του 14ου συντάγματος των σκοπευτών, με διοικητή τον συνταγματάρχη Θεόδωρο Δε Χιόστακ (Σοστάκ), που βρίσκονταν από το Μάρτιο του περασμένου χρόνου στο Ρέθυμνο, προστέθηκαν καινούργιες δυνάμεις. Στις 12 Οκτωβρίου 1898 αναχώρησε από την Οδησσό εκστρατευτικό σώμα με δύναμη ενός συντάγματος υπό τη διοίκηση του συνταγματάρχη Βαρόνου Κενέ. Ανάμεσα στους στρατιώτες, πριν καν ξεκινήσουν την κάθοδο στο Ρέθυμνο, υπήρχε διάχυτη η ιδέα της σταυροφορίας· «…εμπρός διά την χριστιανικήν ιδέαν, διά την απελευθέρωσιν των ορθοδόξων αδελφών…».
Η ισχυροποίηση των δυνάμεων κατοχής δημιούργησε de facto τις αναγκαίες εκείνες προϋποθέσεις για την καθολική ανάληψη κάθε εξουσίας από τις δυνάμεις κατοχής στις υπό την αρμοδιότητά τους περιοχές της Κρήτης. Το κενό εξουσίας πληρώθηκε από μια στρατιωτικοπολιτική διοικητική μηχανή, που είχε ως σημείο αναφοράς το συμβούλιο των Ναυάρχων στα Χανιά και τις στρατιωτικές διοικήσεις στις τέσσερις ζώνες κατοχής. Το προσωρινό της κατάστασης, μέχρι, δηλαδή, το διορισμό του Ύπατου Αρμοστή και την ενεργοποίηση της Αρμοστείας, δεν αναιρούσε τις διαδικασίες για την επιβολή ενός αυταρχικού και συγκεντρωτικού μοντέλου διοίκησης, κάτω από την απειλή της στρατιωτικής επέμβασης. Η επιτακτική ανάγκη επιβολής της τάξης και η αποτροπή της κοινωνικής αναρχίας δικαιολογούσαν ως ένα βαθμό τη δεσποτική διοίκηση, αλλά η υπέρβαση κάποιων ορίων, χωρίς την αντίδραση του χριστιανικού πληθυσμού έδειχνε με αποκαλυπτικό τρόπο τα συμφέροντα των ιμπεριαλιστικών δυνάμεων και την τραγικότητα των καταστάσεων.
ΙΙ. Η δική μας ιστορία ξεκινά τον Οκτώβριο του 1898 στην πόλη του Ρεθύμνου. Εκεί κατά το φθινόπωρο του 1898 υπήρχαν ισχυρές δυνάμεις του Αυτοκρατορικού ρωσικού στρατού, που αποτελούνταν από ένα σύνταγμα πεζικού, ένα τμήμα πυροβολικού με οχτώ τηλεβόλα, ένα τμήμα πολεμικής χωροφυλακής και εκατό Μαυροβούνιους της βασιλικής φρουράς. Η απέραντη χαοτική ασιατική δύναμη που άκουγε στο όνομα αγία και μεγάλη αυτοκρατορική Ρωσία έστειλε και αυτή τη δική της «αντιπροσωπεία» για την δια της στρατιωτικής ισχύος άσκηση της εξουσίας στο Νομό Ρεθύμνης και την προπαρασκευή του εδάφους για την κάθοδο και ανάληψη της εξουσίας από τον Ύπατο Αρμοστή πρίγκιπα Γεώργιο, δηλαδή, για την δια της αυτονομίας επίλυση του Κρητικού Ζητήματος. Ο Γεώργιος ως φυσικό θεσμικό πρόσωπο πέρα από την πολιτειακή κατοχύρωση της εξουσίας της κρητικής ανώτερης τάξης θα ήταν παράλληλα και ο συνδετικός της κρίκος με την αστική τάξη της Ελλάδας. Ο πρίγκιπας αναδεικνύεται για τον κρητικό λαό σε αυτή συγκυρία σε «Ηγέτη του Εθνικόν, απόστολον της Εθνικής αυτού αποκαταστάσεως[…] του αρραβώνα της Ενώσεως υπό την δεξιάν πηδαλιουχίαν του οποίου το πλοίον ολοταχώς βαίνει προς τον λιμένα της σωτηρίας».Στο Ρέθυμνο έκανε την εμφάνισή της όχι η «ασιανίζουσα» Ρωσία, η πάσχουσα και διεφθαρμένη, με τα ηφαιστειακά σπλάχνα της να προαναγγέλλουν την κοντινή έκρηξη, αλλά η «ευρωπαίζουσα» όψη της δεσποτικής Ρωσίας. Παρουσιάστηκε μια στρατιωτική αριστοκρατία ανώτερων αξιωματούχων με επικεφαλής τον Χιόστακ, χωρίς έκδηλα τα συμπτώματα της ρωσικής άρχουσας τάξης. Ο τοπικός τύπος εξήρε σε κάθε ευκαιρία το κοινωφελές έργο του Χιόστακ, τη φιλάνθρωπο διάθεση των Ρώσων αξιωματικών, τα δημόσια έργα της διοίκησης, τους ωραίους τρόπους συμπεριφοράς και ότι «κατά τό χρονικόν διάστημα της ενταύθα παραμονής του ρωσικού στρατού δέν έλαβεν χώραν το ελάχιστον παράπτωμα προς πολίτην ανεξαρτήτως θρησκεύματος σπάνιον και είς στρατούς ευρωπαικών κρατών». Η εικόνα αυτή της Ρωσικής διοίκησης περιοριζόταν μόνο στο πεδίο των λόγων και όχι της καθημερινής πολιτικής πρακτικής. Αμέσως, ο Χιόστακ με τη βοήθεια του υποπρόξενου Γεώργιου Ιωσήφ Χατζηγρηγοράκη όρισε μία διοικούσα επιτροπή για το Ρέθυμνο με πρόεδρο τον Επίσκοπο Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου και μέλη της τους Αριστείδη Λιαντονάκη, Ιωάννη Καυγαλάκη, Βασίλειο Δρανδάκη και Νικόλαο Κορωνάκη προσπαθώντας παράλληλα να στήσει έναν μηχανισμό διοίκησης ικανό να συντηρήσει τα συμφέροντα τόσο των ίδιων των Ρώσων, όσο και της τοπικής άρχουσας τάξης.
Ο σταθερός προσανατολισμός της πολιτικής διοίκησης προς τους ομόδοξους χριστιανούς Κρήτες σε βάρος της οθωμανικής κοινότητας της πόλης μπορεί να μην αποκαλυπτόταν άμεσα στις «ημερήσιες Διατάξεις», στα επίσημα κείμενα και στις διακηρύξεις προς το ντόπιο πληθυσμό, όμως, υπήρξε ο κεντρικός άξονας των περισσότερων διοικητικών μέτρων, κάθε εκδήλωσης και επέμβασης του κατοχικού στρατού. Η γενικότερη υποστήριξη των ομόδοξων Ρώσων προς τους Χριστιανούς κατοίκους, αν και οι τελευταίοι αποτελούσαν την μειοψηφία του πληθυσμού του αστικού χώρου (με την απογραφή του 1900 υπήρχαν στην πόλη 5.575 Μουσουλμάνοι και 3.717 Χριστιανοί) εκδηλώθηκε από πολύ νωρίς, από το Μάιο του 1897. Τότε, στις 19 Μαΐου 1897, ο διοικητής Χιόστακ, ο υποπρόξενος της Ρωσίας Γεώργιος Ιωσήφ Χατζηγρηγοράκης αποφάσισαν να πραγματοποιήσουν τον πρώτο-από τους συνολικά, μέχρι τις 31 Ιουλίου 1897, επτά- στρατιωτικό περίπατο με σκοπό να κερδίσουν την εμπιστοσύνη του επαναστατημένου χριστιανικού πληθυσμού και να τον πείσουν να δεχτεί την αυτονομία. Σε κάθε χωριό της πορείας οι Ρώσοι επισκέπτονταν τις βεβηλωμένες και καμένες εκκλησίες, παρουσία του ντόπιου πληθυσμού, που ζητωκραύγαζε υπέρ της Α. Α. Μ. του Νικολάου Β΄. Έγινε, λοιπόν φανερό για τον πληθυσμό της κατεστραμμένης ενδοχώρας ότι μπορούσε να στηριχτεί στην ορθόδοξη Ρωσία, γεγονός που επέδρασε άμεσα, αφενός στην αποδοχή της αυτονομίας και αφετέρου στη χωρίς αντιδράσεις δημιουργία ενός συγκεντρωτικού διοικητικού συστήματος διαχείρισης των πηγών πλουτισμού φυλετικά και ταξικά προσδιορισμένου. Η ρωσική διοίκηση επιβλήθηκε άμεσα πάνω στις παραγωγικές δυνάμεις του νομού, οικειοποιήθηκε δημόσιο χρήμα και επέβαλε στην «επίσημη» αγορά τους δικούς της κανόνες. Η δημοσιονομική της πολιτική στηρίχτηκε εξολοκλήρου σ’ έναν τεράστιο φορολογικό μηχανισμό από τον οποίο αντλούσε και τους αναγκαίους για την συντήρησή της πόρους.
Ο κατάλογος των δημοσίων υπαλλήλων της διοίκησης Ρεθύμνου δείχνει μια σαφή ενίσχυση των χριστιανών σε σύγκριση με τις προεπαναστατικές συνθήκες, αλλά και σε σχέση με την πληθυσμιακή αναλογία χριστιανών/μουσουλμάνων. Αναφέρουμε χαρακτηριστικά ότι το γραφείο της Διοίκησης και το λογιστήριο στελεχώθηκαν αποκλειστικά με ντόπιους χριστιανούς και Ρώσους, ενώ στο τελωνείο Ρεθύμνου οι δεκαέξι θέσεις ήταν μοιρασμένες μεταξύ των μουσουλμάνων και των χριστιανών. Στα υποτελωνεία Καστελίου, Αγίας Γαλήνης και Δαμνωνίου όλοι οι διορισμένοι από τη ρωσική διοίκηση υπάλληλοι ήταν χριστιανοί. Χριστιανοί εισέπρατταν και το φόρο της δεκάτης, πάνω στον οποίον στηρίχθηκε μεγάλο μέρος της δημοσιονομικής πολιτικής των Ρώσων.
Tο φαινομενικό πλεονέκτημα των Οθωμανών να ελέγχουν το δημοτικό συμβούλιο με δήμαρχο τον Γιουσούφ Βέη Αληγιατζιδάκη, ακυρωνόταν από την πολιτική υποβάθμισης του ρόλου της δημοτικής αρχής, που εκπορευόταν από ένα συγκεντρωτικό και αυταρχικό σύστημα διοίκησης. Άλλωστε, ήδη από τις εκλογές της 27ης Οκτωβρίου 1898 η θέση των Χριστιανών μέσα στο δημοτικό συμβούλιο είχε βελτιωθεί (από τους οχτώ δημοτικούς συμβούλους οι τέσσερις ήταν Χριστιανοί, καθώς και ο πάρεδρος Δημήτριος Λεφάκις). Η συρρίκνωση του μουσουλμανικού στοιχείου ενισχύθηκε με την αποχώρηση του τουρκικού στρατού και την μεροληπτική επιβολή της έννομης τάξης στους μουσουλμάνους κατοίκους.
Σε τακτά χρονικά διαστήματα ο ικανός διοικητής Χιόστακ με την τακτική των προκηρύξεων καθησύχαζε τον ανάστατο και υπό διωγμόν μουσουλμανικό πληθυσμό. Στις 21 Μαΐου 1899, για παράδειγμα, ο Χιόστακ προειδοποιούσε ότι «όστις ενεργεί εναντίον των Μουσουλμάνων ενεργεί εναντίον του Υπάτου Αρμοστού». Παρά τις προειδοποιήσεις οι καταγγελίες των μουσουλμάνων προς το ρωσικό στρατιωτικό δικαστήριο για καταστροφές ελαιοδέντρων πλήθαιναν, χωρίς αυτό να προκαλεί την κινητοποίηση των ρωσικών αρχών. Η παράκαμψη των διαταγών από τους χριστιανούς έμενε χωρίς τιμωρία από την με δικαστικές αρμοδιότητες στρατιωτική επιτροπή.
ΙΙΙ. Ο διοικητικός μηχανισμός που δημιούργησαν οι Ρώσοι εξοβέλισε σ’ ένα μεγάλο βαθμό τη μουσουλμανική άρχουσα τάξη του Ρεθύμνου από τα πεδία εξουσίας και ανέδειξε μια εγχώρια διοικητική αριστοκρατία από τα ανώτερα αστικά στρώματα του τόπου. Οι Ρώσοι πλήρωσαν ένα κενό εξουσίας και εκμεταλλεύτηκαν την ασάφεια των ορίων της πολιτικής τους εξουσίας. Έτσι είχαν τη δυνατότητα να ενισχύσουν εκείνα τα κοινωνικά στρώματα που θα μπορούσαν να τους είναι χρήσιμα στο να ασκούν την εξουσία με μεγαλύτερη ευκολία ή καλύτερα με μεγαλύτερη αυθαιρεσία. Ο εκλεκτικισμός και η στρατηγική των διακρίσεων της ρωσικής διοίκησης με τη στήριξη του ορθόδοξου στοιχείου είχε σαν αποτέλεσμα την κοινωνική και περιθωριοποίηση των μη εχόντων μουσουλμάνων, τον αποκλεισμό τους από τα πεδία εξουσίας και οικονομικής διαχείρισης χωρίς να έχουν τη δυνατότητα αντίδρασης και διεκδίκησης. Η εποπτεία του χώρου από τις ρωσικές δυνάμεις και τη χωροφυλακή εκμηδένιζε κάθε περίπτωση αντίστασης του ανίσχυρου και εξαθλιωμένου οθωμανικού πληθυσμού. Η πρώτη φάση του μεταναστευτικού ρεύματος των μουσουλμάνων θα καταγραφεί αρκετά νωρίς, το χρονικό διάστημα από τις 8 Οκτωβρίου 1898 έως και τις 2 Δεκεμβρίου 1898. Συνολικά 2.269 μουσουλμάνοι αναχώρησαν από το λιμάνι του Ρεθύμνου. Θα ακολουθούσαν και άλλοι το αμέσως επόμενο διάστημα και σε όλη την περίοδο της Κρητικής Πολιτείας.
Στις 12 Ιουλίου 1899 ο Χιόστακ παρέδωσε τη διοίκηση του νομού στον Αντώνιο Βορεάδη πρώτο νομάρχη Ρεθύμνης. Η μεγαλύτερη δύναμη του ρωσικού στρατού κατοχής αποχώρησε από το λιμάνι της πόλης και τη Σούδα με προορισμό την Οδησσό. Η μετά το 1899 περίοδος παραμονής των πέντε λόχων του 60ου συντάγματος πεζικού και μιας ομάδας χωροφυλακής υπό τη διοίκηση του νέου αρχηγού του ρωσικού τομέα υποσυνταγματάρχη Κ. Ουρμπάνοβιτς, χαρακτηρίζεται ως περίοδος ειρηνικών σχέσεων ανάμεσα στον πληθυσμό και τα στρατεύματα κατοχής, τουλάχιστον μέχρι το 1905.